军令司、教导司、考功司、军需司和饷禄司。

    与此同时，不同的都督府下面，又有一两个不同的机构，比如边卫军都督府下面，专门设立了边军马政司，专管独属边军自己的军马场。

    再比如海军都督府下面，专门设立了海军船政司，专管独属海军自己的购船造船乃至维修船舶的事务。

    还有，内卫军都督府下面专门设立了清丈军屯司，而后备军都督府下面则专门设立了新军选募司，专门招募训练兵员，等等。