仓库库房，作为行宫让成帝栖身。苏峻每日都到成帝住处看看，恶言恶语，肆无忌惮。只要这位凶神恶煞来了，成帝总是心惊肉跳。护侍成帝的几位大臣也都提心吊胆，怕苏峻加害成帝。

    司徒王导奉太后之诏，密令三吴（吴郡、吴兴、会稽）起兵勤王。会稽内史王舒、吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟等皆响应。苏峻派将一一拒战，互有胜负。

    叛军与援救成帝的官军相峙数月之后，九月二十五日，陶侃督水军猛攻石头城。苏峻以8000人迎战，派其子苏硕及其将匡孝分兵冲向赵胤军。赵胤军抵挡不住，向后败退。苏峻正酒醉，高兴地嚷道：“匡孝能破贼，难道我不如匡孝？”一面嚷着，遂脱离大军，与数骑冲向敌阵。区区数骑当然难以攻入敌阵，忙向后撤。不料马踬，将苏峻掀翻。晋军蜂拥而上，将他斩首，割肉焚骨，以泄其愤，三军欢声雷动。叛军见首领已死，遂大溃。苏竣之弟苏逸收集败兵，闭城自守。

    成帝司马衍等人虽然处在叛军的严密拘禁中，还是得知官军获胜、苏峻被碎尸万段，心中抑制不住喜悦，不时交换一下会意的眼光。同时，又更加担心叛军狗急跳墙，对实为阶下囚的成帝君臣下毒手。右卫将军刘超、侍中钟雅等人秘密商量奉成帝逃离魔窟，可惜事泄，苏逸大怒，命兵突入仓房行宫，逮走刘超、钟雅。成帝不顾一切地悲号着抱住刘超、钟雅，哭道：“还我侍中！还我右卫！”兵士如狼似虎一般扑上来，从成帝手中夺走刘超、钟雅，挥刀斩杀。

    咸和四年（公元329年）二月，诸军猛攻石头城，苏逸被斩。建威长史滕含的部将曹据在混战中，找到缩于一角、瑟瑟发抖的成帝。曹据抱起小皇帝，奔向温峤的座船。群臣见成帝，皆痛哭流涕，顿首请罪，成帝也满面是泪，哽咽难语。想到刘超、钟雅两位忠臣死得悲惨，又未能亲见叛军的覆灭，他更加感伤。

    经苏峻之乱，宫阙尽为灰烬。成帝从石头城回到建康，只得以建平园为行宫暂居。温峤建议迁都豫章，三吴豪族请迁都会稽，王导力排众议，反对迁都，朝廷才在破败的建康安顿下来。

    苏峻之乱平定后，庾亮十分敷衍地表示谢罪。成帝却亲手写诏书宽慰他说：“这是国家社稷的劫难，并非舅舅的过错。”还让他都督豫州、扬州之江西、宣城诸军事，为豫州刺史，领宣城内史，镇芜湖。庾亮以外戚辅政，措施失当，促成叛乱，使京都破败，朝廷几致倾覆，而不但不处罚，反仍给以政柄军权，成帝与辅政大臣王导等实在视国家大政为儿戏。

    成帝于成康元年（公元335年）正月即已行加冕礼，并改元，按说应从此亲政。但他长期受制于舅氏，没有独立从政经验，又缺乏雄武的气概，所以在治国方面没有什么建树，惟一可称道的是他用度节俭，不务奢华。他曾想在后园建一射堂，预算要用40金，成帝惜其劳费，下令取消了建堂计划。这也许与他身历苏峻之乱不无关系。

    咸康八年（公元342年）六月，成帝病死，时年22岁。葬于兴平陵，庙号“显宗”。