世事的少年，并不能主持国家大政。实权依然操控在桓温手中。

    随着年龄渐渐长大，穆帝开始懂事。然而，奢糜的宫廷生活却使得这个年轻皇帝身体虚弱，经常闹病，因此始终未能在治国理政上有丝毫建树。升平五年（公元361年）五月，19岁的穆帝再次得病，不久死去，葬于永平陵，庙号“孝宗”。