，9岁时封为琅邪王，食邑多达7600余户。太元八年（公元383年）九月，正当前秦南侵时，20岁的司马道子被委以录尚书事的重任，得以干预朝政。淝水之战结束后，他便开始倾轧谢安。

    谢安的女婿王国宝品行恶劣。谢安厌恶他的为人，不重用他，让他做不那么重要的尚书郎。王国宝自以为像他这样出身于琅邪王氏名门大族的子弟，从来都是做清显贵重的吏部郎的，因而对谢安怨恨在心。王国宝的从妹是司马道子的妃子。王国宝经常在司马道子面前说谢安的坏话，司马道子便把这些坏话当做在司马曜面前攻击谢安的炮弹。谢安在淝水之战中立有大功，那些嫉妒他的无耻之徒也都竭力败坏他。司马曜听任谗言，对谢安的信任大不如以前了。

    太元十年（公元385年），谢安被排挤出建康，出镇广陵（今江苏扬州），过起闲居生活。九月，谢安病逝，东晋失去最后一根顶梁柱。司马道子领扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事，全面操掌起军政大权。司马道子势倾内外，远近奔凑，司马曜意渐不平，兄弟二人开始闹起矛盾起来。

    司马道子专权奢纵，他所亲信的赵牙和菇千秋，一个原是唱戏的，另一个原是捕贼小吏，都靠谄媚和贿赂做了大官。赵牙为司马道子建筑了一所府第，里面筑山穿池，费用巨万。菇千秋则卖官招权，被人揭发出来。司马曜对他弟弟的行为越来越厌恶，但碍于手足情分，下不了废黜的决心。于是，他选拔一批有名望并为自己所亲信的大臣，如王恭、郗恢、殷仲堪、王珣和王雅等，委以地方要任，来防遏司马道子的势力。司马道子也引王国宝和他的弟弟王绪为心腹。这样，朝廷内部形成了两帮对立势力。

    司马曜最先宠爱的两位美人，后来因失宠均被打入了冷宫，在后期他最宠爱的是张贵人。太元二十一年（公元396年）九月的一天，他和张贵人在后宫饮酒，妓乐相陪。张贵人年近30，司马曜带着醉意，跟她开玩笑说：“你已到了失宠年龄，我正在物色更年轻漂亮的。”张美人想到前两位美人的下场，对玩笑话认了真，怀恨在心。傍晚，大醉的司马曜酣睡在清暑殿。张贵人将大大小小的宦官灌醉，打发他们各自安歇。然后，她让侍女用一条厚厚的被子蒙住司马曜的头，把他活活憋死。她又用重金贿赂左右的人，说是“因魇暴崩”。当时，太子司马德宗年幼无知，专权的司马道子昏荒无道，这件弑君大逆之事，竟没人过问，蒙混过去。

    司马曜死时35岁。太元二十一年十一月，葬于隆平陵。庙号“孝武帝”。