关岛土著那里得到了淡水、粮食和蔬果补充。从关岛出发，10天以后发现了较大的陆地——盛产热带水果的锡亚高岛。第二天，又发现附近的岛屿。因为3月17日是圣拉萨罗节，于是麦哲伦将他发现的土地命名为“圣拉萨罗群岛”。22年以后，它改名为菲律宾。

    3个多月的航行中，尽管吃尽了各种苦头，然而幸运的是天气晴好，没有碰上任何风暴，因此麦哲伦把最后发现的也是最大的海洋命名为“太平洋”。太平洋是麦哲伦此次航行最伟大的发现。

    在麦哲伦以前，没有任何一位欧洲探险家到过菲律宾，欧洲出的世界地图上也找不到这个庞大的群岛。麦哲伦见到岛上的马来人，知道离摩鹿加不会很远了。麦哲伦在圣拉萨罗各岛之间航行考察；同时传播基督教。宿务岛的君主为了征服一水之隔的麦克坦岛，佯称信仰基督教，并请麦哲伦出兵相助。麦哲伦就这样卷进了当地人的冲突旋涡。1521年4月27日，麦哲伦在战斗中被麦克坦武士杀死在沙滩上。

    群龙无首的欧洲水手驾驶仅存的维多利亚号和特立尼达号继续寻找摩鹿加。11月8日，向导把麦哲伦的残部带到了摩鹿加。他们在一个小岛上收购了大量贵重香料。特立尼达号由于损坏严重，只好留下来进行修理。1522年1月底，维多利亚号航至帝汶岛。2月13日，自帝汶朝好望角驶去，这时离麦哲伦抵达锡亚高岛已有11个月之久。幸存的船员绕过好望角，但是在佛得角群岛又有不少人被葡萄牙当局逮捕。最后剩下18名衣衫褴褛、面目全非的船员回到当年的出发地塞维利亚。特立尼达号修好以后，1522年4月离开摩鹿加，企图去巴拿马，结果被风暴逼回摩鹿加，成为葡萄牙的囚徒，后来仅有4人生还西班牙。