化的线索来自加拉帕格斯群岛的嘲鸫，因为达尔文本人可以识别出有些嘲鸫物种与美洲的类型有明显的相似。一旦他确信加拉帕格斯群岛上相似的类型不仅是单一物种的变种，而且是一群特征明显（但是密切相关）的物种，达尔文便陷入困惑之中。设想每一个岛上特有的类型都是造物主的产物显然是不合理的，因为造物主没有充分的理由在每一个岛上形成一种独特的物种。而相信原产南美的类型迁到群岛，并在各个岛上沿着不同的方向进化，要合理得多。由于缺乏原先常见的竞争者，又具有各种生态位，每一个群体采用特化的不同生命方式而适应环境。然而接受这一点，对于达尔文来说是必要的，因为他得承认适应新环境条件不仅意味着产生出变种，而且要产生出全新的物种，这些新种之间，以及新种与原先物种类型之间，不能相互配育。

    关键岁月：1836年—1839年

    1836年10月贝格尔号抵达伦敦。在第二年的3月，达尔文寄宿在伦敦，开始经历了他后来所描述的他一生中最忙碌的两年。他在地质学会阅读论文，并参加了首都的科学活动（Rudwick，1982），同时他在思考他在航海期间的发现，特别是在加拉帕格斯群岛上的发现。不时有人提出，达尔文在航海的最后阶段已经接受了物种转变的观点。然而多数现代的史学家相信他回到英国后思想才发生转变，尤其是在1837年3月到7月之间。迈尔（Mayr，1977）称这是达尔文的第一次革命：在这期间，达尔文已经接受物种的形成是自然过程的思想，但是并没有发现变化的实际机制。又经过了一年，他在几本笔记中记下了他关于物种转变的可能性及其含义的思想（现在已经发表：Darwin，1960-61，1967，1974，1979；全本，1987）。1838年9月他在阅读马尔萨斯关于人口的论述时，最终导致他将自然选择的观点汇总到一起，由此出发，他根据自己全新的理论对自然史重新作出了综合的解释。

    达尔文后来在自传中对导致他的发现的事件作了描述，不过近来一些学者已经表明，应该根据他的笔记重新认识他发现的历程。达尔文在自传中暗示，他的发现是以传统的培根式归纳方法收集事实开始的，他随机地收集事实，以期最后一个图景可以显现出来。我们现在知道他的思想中早已有了一些假说，而且经过了各种尝试，才找到成功的假说。达尔文在自传中还宣称，他是通过对动物驯养的研究得出选择思想的。然后他探索这种选择活动的自然平衡，并且在群体压力导致的生存斗争中找到了。一些现代的研究提出，达尔文在自传中极大地夸大了人工选择所起到过的作用，甚至那些承认人工选择起到过重要作用的人也同意，这个发现的过程绝不是简单的。马尔萨斯的人口原理到底起了什么作用也存在着争议，有人认为它是关键的见解，有人却认为那只是近乎完成的演绎的最后一步。

    正如迈尔（Mayr，1977）所指出的，在尝试重建达尔文思想过程中有两种方式。一是通过对自然选择论据的逻辑分析，以确定达尔文在将这样一种新的、激进的概念汇总中，到底哪一步是至关重要的。另一种方式是研究达尔文的笔记本身，以确定当时对达尔文留下最深印象的是什么，以及他是如何利用所获取的信息。第一种方式的用途在于我们可以看出最终产生的这个理论的结构，及其关于自然的基本假定。关于这一发现的正统故事，可以确立这个发现的概念基础，不过这种抽象的解释未能认识到达尔文在其笔记中记载的实际思想的极大复杂性，而且使我们不能认识到对他思想形成的多元影响。因此，我们学习的第二个时期必须了解最近的学术成果，这些成果基于对达尔文产生自然选择思想过程的实际细节的认识。

    现在有一件事情已经清楚了：达尔文的自然选