八月四日，黑田长政病逝，嫡子忠之继承三春藩十五万石。

    三年164

    七月十三，福岛正则病逝，家中发生骚乱，秀保出兵扶持嫡子继承家业，但由于违反《武家诸法度》，没收十万石知行，将为三十五万石；

    九月初六，高台院病逝，秀保将其与丰臣秀吉合葬；

    四年165

    47毛利辉元病逝，秀保遣河内光国前往悼念，期间得知毛利辉元无嗣，遂奏请秀保，以满仁亲王次子继承毛利氏；

    五月八日，次子抵达广岛，岛清兴为其元服，更名为毛利元清；

    八月初八，万历帝病逝，长子继位，是为泰昌帝，秀保亲往京师朝贺，并奏请由满仁亲王继任日本国王；

    九月十九，秀保返回伏见，正式奏请皇，卸任征夷大将军，以嫡长子满仁继位，同月，嫡次子利仁晋升正三位权大纳言；

    十月初八，后水尾皇独子染伤寒夭折，皇嗣问题成为朝堂焦点。

    五年166

    二月初七，丰臣秀赖晋升正二位左大臣，距离关白之位仅一步之遥；

    三月中，泰昌帝病危，临终前执意召见秀保，秀保得召，即刻动身前往京师；

    三月二十，秀保抵达津卫，与此同时，后水尾皇于伏见游玩时失足落水，伤重不治，与当晚病逝；满仁亲王得知消息，连夜召见藤堂高虎、武田胜亲及后藤基次等谋臣，众人皆以为此乃赐良机，遂召见时任关白菊亭良季（秀保侧室菊亭持子长兄）如伏见宫，告知后水尾皇殡，菊亭良季大惊，不知所措；藤堂高虎建议满仁一不做二不休，矫诏称帝；菊亭良季深以为是，遂草拟遗诏，依计行事，史称“丙寅之变”；

    三月二十一。菊亭良季护送后水尾皇遗体返回京都御所，召集诸公卿宣读诏书，满仁亦命令光国和利仁率兵进京“稳定局势”；朝堂之上，菊亭矫称后水尾去世前以秀保为皇太弟，令其继承皇位；公卿大惊，然敢怒不敢言，且后水尾失独子，以秀保为皇有益于提高公卿待遇，增强皇权，思忖之后对此予以默认；满仁大喜。当即派人前往大明迎接秀保回国；

    三月二十二，泰昌帝病故，委托秀保照顾启帝，秀保婉拒，推荐袁可立、熊廷弼入京辅命；

    三月二十五，那须资吉抵达京师，将京都之事告知秀保，秀保无奈黄袍加身，只好返回京都；

    四月十五日。秀保于京都登基称帝，改年号为“皇统”，定伏见为陪都，立满仁为太子。利仁为伏见宫亲王；

    五月至次年三月间，秀保按照大名宗藩制度进行改革，史称“皇统革新” ；

    1敕封嫡子为内亲王，利仁为恭亲王；

    敕封庶子为国亲王。河内光国为江（州）亲王、河内政国为势（州）亲王、丰臣胜国为浓（州）亲王、丰臣秀赖为摄（州）亲王；

    敕封秀次、秀赖（庶子）、庶孙一脉子孙为郡王，丰臣秀房为爱知郡王、丰臣秀光（秀赖庶长子）为南郡郡王、毛利元清为沼田郡王；

    4敕封主要盟友及家臣为国公，宇喜多秀家为备国公、前田利政为贺国公、蒲生秀行为岩国公、德川忠直为总国公、池田利隆为越国公、浅野长晟为前国公、藤堂高虎为周国公、岛清兴为因国公；

    5二十万石以上、三十万石以下其他大名敕封为郡伯。如福岛高吉为明石伯、那须资吉为足羽侯；

    6十万石以上、二十万石以下大名敕封为城侯，如后藤基次为鹿岛侯、九鬼守隆鸟羽侯；

    7十万石以下大名无爵位，但若是王土奉还，可根据实际情况赐予响应爵位的待遇，如美浓本巢藩（八万石）主织田秀雄最先奉还领地，秀保于京都为其建造屋敷，给予郡伯待遇。

    此外，秀保还规定，郡伯