休矣。北京大学校长一职，已正式辞去，其他有关系之各学校、各集会，自五月九日，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”

    “杀君马者道旁儿”，语出《白虎通义》，这句话的大意是“你的马儿跑死，全因道旁欢呼喝彩的人太多，结果马就在被鼓励的状态底下，疲于奔命，死掉了”，有人说，这是蔡元培在自嘲；许德珩则说，这是蔡元培在嘲讽当局；罗家伦没有给出结论，仍称之为谜。所谓“爱之者即害之者”，这对蔡元培校长和爱国学生来说，可能是双重的意思。

    可惜的是，北京的风潮非但没有因为蔡元培的辞职而平息，反而引发了一场更大规模的“挽留蔡校长”运动，以至于教育部新任命的校长无法到校。在这种情况下，蔡元培于当年7月回北大复职。

    在南下途中，蔡元培给北大学生写信，他先肯定了同学们的行动并认为此举“纯出于爱国之热诚”，但返校后，蔡元培尽可能地劝告学生应以“学术救国”，不可常为救国运动而牺牲。他指出：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几；得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础；而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”“诸君唤醒国民之任务，至矣，尽矣，无以复加矣！”

    这段话或许反映了蔡元培当时的矛盾心理。在“五四”之前，蔡元培是支持学生运动的，因为他认为当时的政府在国难面前无所作为或者不可信任，这才需要学生奋起、有所作为，正如他事后说的，“五四运动是社会的各方面酝酿出来的。政治太腐败，社会太龌龊，学生天良未泯，便不答应这种腐败的政治，龌龊的社会，蓄之已久，进发一朝，于是乎有五四运动”。

    作为一校之长，蔡元培先生曾亲身经历了清末到民国初的数起学生风潮，他也深知其中的危害并告诫学生说：“我还记得二十年前革命主义宣传最盛的时候，学生都怀着革命的思想，跃跃欲试，就在学校里而试验起来。说是学生是学校的主人翁，譬如一国的国民；教职员是学生的公仆，譬如国家的政府；国民可以革政府的命，学生就可以革教职员的命。那时候长江一带，这样试验革命的学校，不知多少。导火线都很简单，大半为记分不公平或饭菜不好等小问题，反对一个教员或一个庶务员，后来迁于全体教职员，闹到散学。”

    事实上，几乎所有的大学校长在“五四”之后都会遇到这样的问题，燕京大学校长司徒雷登就曾在回忆录中说：“我在中国的一生中，看到了学生生活中那种被形象地称之为‘学潮’的不良现象。那些都是有组织的行动，它们通过爱国主义的示威来获得力量并巧妙从中发挥了最有效的作用。在全国各地好斗的学生发现了这种组织起来的力量之后，他们就开始把罢课作为解决他们真正不满或者自认为不满的手段，从校长的个性到饭菜的味道等一切问题都可以成为他们罢课的借口。一旦听人演讲，受人煽惑，或者被人加以巧妙地利用，那么即使那些最循规蹈矩、最友好的学生也会不顾一切地参加群氓运动，而且如果处理不当，就很容易出乱子，以致出现不可收拾的局面。幸运的是，我们燕京从没有发生过一起无法控制的学潮，不过也几乎到了爆发的地步。这使我产生了一种害怕群众的心理，尤其是风潮影响到那些本人有弱点并对社会有所顾忌的中国学生时，我更害怕。”

    不过，民国时期的燕京大学并没有像司徒雷登校长说的那样风平浪静，譬如他上任之时，正是“五四”高潮时期，当时因为被捕学生释放（其中就有汇文大学即燕大前身），他学校的学生都欢迎释放学生去了，使得他的上任演讲吃了个闭门