做了国务院秘书长，而这年小段不过37岁。对于徐树铮的专横跋扈，黎元洪也是早有耳闻，最开始他是反对由徐树铮出任国务院秘书长的，因为他知道徐树铮这个人太难共事。后来老段托总统府秘书长张国淦和北洋元老徐世昌代为转圜，黎元洪这才勉强答应。不过，黎总统提出一个条件，那就是徐树铮到总统府见他的时候，必须有张国淦陪同，他不单独见徐树铮。

    由于当时约法对总统府与国务院之间的权限不甚了了，而老段和老黎在平日里也不太互通声气，因此在一些事务上难免出现误会与冲突。按照约法规定，国务院所决定的重大事件，应当呈递给总统府，由大总统盖印发布。徐树铮是国务院秘书长，因此经常要往返于国务院和总统府办事，但这个小徐经常不给黎总统说明事件来由，只管催促总统赶快盖印。要是黎元洪多问上几句，小徐脾气上来就敢当面顶撞。徐树铮这种盛气凌人的态度，若不是总统府秘书长张国淦从中斡旋调解的话，黎总统还真是有点吃不消。

    有一次，徐树铮拿着福建省三个厅长的任命书来请总统盖印，黎元洪刚刚问了几句这三人的从前来历，小徐就不耐烦的说：“大总统问这些干什么？请赶快盖印，我事情忙得很！”这下可真是把黎元洪气得半死。等徐树铮走了，黎元洪恨恨的跟手下人说：“我本不想要做什么总统的，可你们看看，这些人目无总统到了什么地步！”

    为了顾全大局，黎总统固然可以忍气吞声，但他的那些幕僚们不干了，他们得为总统争权，也为自己争权。由此，府院之间的矛盾开始暴露，特别在原总统府秘书长张国淦辞职之后，总统府与国务院之间的矛盾更是迅速激化。

    在张国淦走了之后，代替他的是人称“报界三杰”之一的参议员丁世铎。丁秘书长可没有张国淦那么好说话，他的性格和小徐倒是有点像，一向是言辞犀利，做事干练，岂能容忍小徐那样骄横跋扈的作风？这不，他一就职，马上就搞了一个“府院办事手续”草案，名义上是为了划分府院权限、规范办事手续，但说白了，其实就是要为总统府争得权力与地位……你国务院不能把总统府看成是一个盖印的机器啊！

    丁秘书长的提议得到了黎总统的支持，但引起了国务院那边激烈的反对，他们认为这个草案就是“总统争权”，是用总统制来替代内阁制，这如何使得？段祺瑞身为内阁总理，当然不能对这事坐视不理，他随后便请假不出，以此来向黎元洪施加压力。

    黎总统其实也心虚得很，他也不想把事情搞大，因为老段不出来理事的话，他还真维持不了局面。于是黎元洪又找人出来斡旋调解，说他本人是尊重《临时约法》和责任内阁制的，绝没有要恢复总统制的想法；之所以搞出“府院办事手续”的草案，主要是想协调府院之间的关系，避免误解，减少矛盾。趁此机会，黎总统又向老段投诉徐树铮等人在总统府嚣张跋扈的种种做法，并希望老段能对这些人稍加约束。既然黎元洪服了软，老段也就坡下驴，销假回来办事。双方经过一番调解和讨论之后，都做了让步和折中，老段还特别指示小徐，以后交给黎总统核阅的文件，一定要亲自递送，并且一定要注意收敛。于是，“府院办事手续”的风波就暂时平息了下来。

    一波刚平，一波又起，这次却是来自国务院内部，内务总长孙洪伊与秘书长小徐发生冲突。孙洪伊是清末著名的立宪党人，在民国初年的组党热潮中大出风头，他此时与黎总统及冯副总统的关系打得火热，自然免不了与老段、小徐发生矛盾。

    小徐仗着老段的信任，在国务院一手遮天是人所皆知，偏偏遇到孙洪伊也是眼高手低的朋友，他的为人争强好胜，而且政治能量也不小，用当时人的话来说，这两位在一起，几乎就是“日日在火并之中”。

    老孙是直隶人，年纪比小徐大十岁，