望两端，大逆不道”，将李善长并其妻、女、弟、侄等七十余人都问成了死罪，全都杀了。只有李善长的长子李祺，李祺的儿子李芳、李茂等人，由于临安公主之故得到恩免，没有被杀。但是就连临安公主也和他们一样，都被逐出京外，被远徙到江浦地去居住了。

    与李善长同时被杀的还有陆仲亨、唐胜宗、费聚、赵庸等人，其中唐、费、陆三人还都是封了侯的。那时为了肃清逆党，到处侦捕，牵连蔓引，历时达数年之久，史称诛戮人数共达三万余人，真是一场规模极大的屠杀。为了把李善长的罪状昭告于天下，以见其罪有应得，朱元璋还把李善长及其从犯的供词勒为一书，名曰《昭示奸党录》，印出多册，发往各地，俾众周知。其意一在晓谕臣民，使之知所惧戒，不敢再行谋逆；二则也是昭示李善长等都是罪有应得，并不是他大杀功臣，所谓“飞鸟尽而良弓藏，狡兔死而走狗烹”。

    明代在洪武十三年胡惟庸被诛，中书省也随即撤除，宰相制可以说在那时已被废除了。但真正地在人们的心目中根除了建立宰相制的想法，则还该说是在李善长被族诛后才彻底根绝。到李善长的被杀，明太祖痛心疾首于这一制度已极显然，而且身居相位的四个人中就有三人被杀，也叫人感到这个相位真也太可怕了。

    说是为相的四人中只有三人被杀，历来便很有人颇为不以为然。因为一直便盛传着一个说法，说是徐达也不能算是得到了善终。很有些野史中都传说着这么个故事。说是徐达暮年曾患过一场重病，病愈后医生郑重嘱咐过他，此后切须忌食河鸭，吃了病会复发，一发便即无救。这是性命相关的事，徐达自然切记在心。可是忽有一天，明太祖因念及功臣，派来内监赐食给徐达，所赐的竟然是只全鸭。依例，天子赐食，都应立即拜食，还得当场吃尽。所赐的食物虽说即将致死，徐达也只有含泪拜食，别无他法。因为食尽而死，为祸尚小，总可免于祸及子孙；倘若违命，则仍难免一死，而且满门都会遭殃了。徐达吃下了赐食的全鸭，果然不久便病发而亡，所以这次的赐食，实无异于赐死。因而有些论者便说，明代四相，没有一个是获得令终的。不过，话虽如此，徐达的身后也与其他三人大有不同，倒可说是备极哀荣的。据《明史》所载，在徐达死后，“帝为辍朝（即停止临朝），临丧悲痛不已。追封中山王，谥武宁，赠三世皆王爵，赐葬钟山之阴，御制神道碑文。配享太庙，肖像功臣庙，位皆第一”。他的子孙的遭遇与其他三人的子孙更极不同，他们一直嗣封不替，还有封公者二人，可以说是簪缨不断，与有明一代相始终。这种情况，就是在洪武诸功臣中，也是极少见的。

    在被杀的三个相臣中，可说以李善长受祸最惨。他这个人，史家说他是“外宽和而内多忮刻”，人缘并不算好。但他竟以协同胡惟庸谋叛而被族诛，人们大都还是觉得实在太冤。但在皇帝十分震怒、连年大杀大砍那样的声势中，敢于为他称冤的人却又极少。然而，并不怕死，敢说真话的人，终究还是随时都有。就在李善长被杀的次年，那时搜捕诛杀还正在高潮，便已有个虞部郎中王国用，竟敢大胆上书为李善长述冤。他在书中先说到李善长的功劳和所取得的荣耀，他说，“李善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣……”认为达到李善长这样地位的人，除非他想自立为帝，似乎还有可说；如果说他竟想辅佐别人，再为勋臣，可就太难让人置信了。因为，他这样干，即使又得成功，他所能得到的仍不过是勋臣第一，生封公，死封王而已，他何苦放着现成的不要，又去冒着危险，从头另来呢？他又把李善长与朱元璋之间的戚谊，和李善长与胡惟庸之间的戚谊相互比较，认为李善长愿重新辅佐胡惟庸为帝更不可能。因为李的儿子娶的是皇帝的女儿，彼此间是直接的儿女亲家