他特别下诏，着李存义和李佑都予免死，只把他们全家都安置到崇明岛去闲住。这事处理得这么轻，而李善长还是一点也没有牵连到，一时使人觉得他的功高望重真是深在帝心，什么事也不会影响到他。依理，李善长受到这种殊遇，便该上表谢恩，既先自行引罪，又表明如何感戴皇帝对他的天地之恩。但是李善长却没有这么做，他对此事全然不予理会，好像和他全不相干。这种冷漠态度，使明太祖深感不快。李善长所以如此，有人说是出于疏忽，以李善长之精明干练，持此说者为数极少。有人说，他这样做，意在表明君臣之间相处无间，不必多此一举。这倒像也有点道理。

    胡惟庸谋反一事的查证，仍在不断搜索，并且时有所得。洪武十九年（1386）明州卫指挥林贤通倭事发，审明他是奉胡惟庸之命下海通倭的，于是胡惟庸谋反，又进一步得到了证明。洪武二十一年（1388），将军蓝玉出塞，在捕鱼儿海地方又拿获了奸人封绩，这人原是元朝的旧臣，后来归降了的。据说他常往来于蒙汉之间，并曾为胡惟庸送过勾通元嗣君的书信，胡在书中称臣于元嗣君，并请其派兵以为外应。这些都是封绩再次被捕才审出的，蓝玉初次捕到封绩时，却为李善长施加影响，并未入奏，并把封绩也给放了。直至洪武二十三年（1390）五月，封绩又被捕入狱，事情才经审明，而李善长厄运终于也就临头了。

    在大祸临头之前，李善长还做了一件为自己增重罪嫌的事。他为了娱老，便大兴土木，由于短缺工人，曾向信国公汤和索要卫卒三百人，以供营建之用。以营卒为工役在封建时代原本是常事，明代也并不例外，自明初至明末，也都是这么干着的。不过，这个汤和却是勋臣之中最为胆小怕事的人，多一步也不敢走。他这份胆小，却也真给他带来了好处，后来明太祖大杀功臣，勋臣中得保首领的很少，而汤和就是以胆小而获得善终的一人。汤和胆子小，李善长向他要卫卒，自然绝不敢不给；然而李善长的恩遇已衰，他也已早有所闻，当真派给他也许会惹上祸事。在他看来，明太祖和李善长都是不能违抗的，而事难两全，可真难坏了他。他几经考虑，觉得只有如数照派，一面并将派兵给李善长一事暗中向皇帝奏明，才得两全其美。他心安理得地这么做了，至于这无异是密告李善长聚集兵力，他可没有管着。

    凑巧这时又发生了一件事，有如火上浇油，更加速了祸事的爆发。那时京中正有一批罪民要移向边塞去实边，就中有个叫丁斌的人却是李善长的私亲。李善长素来便对和他有关的人很肯关照，这也是历来培植私人势力常有的手段。对于丁斌要去徙边，李善长原只认为那不过是一件小事，曾几次为其求免，他万没想到这事竟然成了爆发祸事的导火线。

    由于对李善长越来越感到疑忌和恼怒，明太祖朱元璋不但没有应许李善长的请求，使丁斌免于徙边，反而立予拿问，交由法司严讯，要他供出他所知道的李家成员所做的诸多不法事件。这个丁斌，偏巧又是曾被李家荐往胡惟庸处，在胡的属下做过些事的，一经审问，供出了不少李、胡两家相互往来的事情。这样，便坐实了李存义、李佑父子伙同谋叛的罪状，即行从崇明岛拘捕进京，重新论罪。

    事情发展至此，李善长将获重咎已成人所共知之事，于是他的左右便突然瓦解崩溃。首先是他的仆人们，大家为了免祸，便都纷纷出头首告，把李、胡之间如何密切往来，如何互通贿赂，如何时常屏人密谈等等，都分别揭发出来。李善长暗放封绩一事也这样才被揭出来，因而又被捕获入狱的。

    不利之事纷至沓来，已使李善长很够受的了，偏巧那时又适有星变，据占者说，星变应主折伤大臣，这一下可成了李善长最后的一道致命符，加速了朱元璋除掉李善长的决心。他立颁严敕，说李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观