帝却于太兴四年（公元321年）七月，派尚书仆射戴渊为征西将军，名为讨胡，实际是牵制祖逖，并防备王敦。戴渊徒有虚名而无远见卓识，不识军机而骄傲自大。祖逖要受他的统领，被他掣肘，自然怏怏不快。又得知王敦与戴渊矛盾十分尖锐，内难将起，陷此困境，他的北伐势必夭折。他痛感壮志难酬，抱恨发病，于同年九月死于雍丘。

    王敦出身世家大族，娶司马炎之女襄城公主为妻。曾任青州刺史，后转为扬州刺史，为东晋立国的功臣。任统帅全力经营长江上游，任都督江、扬、荆、襄、交、广六州军事、镇守武昌，即掌握了上游军队。长江上游为甲兵所聚，其经济和军事力量一旦强大，有控制下游的可能。上游的镇将往往因军事、经济优势，孕育野心，威逼国都所在的下游。王敦控制上游大权后，政治野心与日俱增，逐渐威胁东晋朝廷。司马睿自感危机，慌忙调兵遣将，暗作军事部署，充实中央的军事力量。他任命戴渊、刘隗为军事统帅，各率万人，分驻合肥、泗口（泗水入淮之口，今江苏清江市西南），以北讨石勒为名，一面防御王敦，一面牵制祖逖。祖逖死后，王敦认为无人是敌手，遂于永昌元年（公元322年）正月，举兵于武昌，以讨刘隗为名发动叛乱。声称：“奸臣刘隗必须斩首。其头朝悬，诸军夕退。”王敦党羽沈充，同时在吴兴起兵以为配合。王敦兵临芜湖。元帝大怒，下诏说：“王敦竟敢如此狂逆，把我比作太甲，欲加幽囚。是可忍，孰不可忍！我要亲帅六军，以诛大逆。有杀王敦者，封五千户侯。”

    二月，元帝征调戴渊、刘隗入卫建康。王敦的堂弟王导率子侄20余人请罪，对元帝说：“乱臣贼子，历代都有。想不到今天出在臣族之中。”元帝非但不怪罪，反而加以劝慰、笼络。

    三月，司马睿以王导为前锋大都督，加戴渊骠骑将军。以刘隗率军守金城，以右将军周扎率军守石头城。元帝披甲戎装，亲率军队驻于郊外。王敦则率叛军，一路势如破竹，所向扑靡很快打到石头城下。王敦军首先猛攻周扎军，周扎开门投降，王敦占据石头城。元帝忙命刁协、刘隗、戴渊等率军去攻夺石头城，但均大败，刘隗逃往后赵。元帝无奈，只得让百官到石头城去看望王敦。王敦得意而又心虚地问：“天下之人，如何看待我的举兵？”戴渊献媚说：“只看表面，认为是叛逆。如能体察诚意，当认为是忠于国家之举。”王敦高兴地笑道：“你可真会说话。”司马睿不得不忍着怒气，给叛军首领加官进爵，以王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公。王敦却辞而不就。

    王敦因太子司马绍有勇有谋，为朝野所信重，想诬以不孝而废之，因百官皆不从，只得作罢。王敦将周扎、戴渊杀死，也不朝见司马睿，于四月回到武昌，遥控朝政，为所欲为，四方贡品多入其家，将相皆出其门。王敦自领宁、益二州都督，并以王邃为都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴，以王含都督沔南诸军事，领荆州刺史。军政大权皆集于其兄弟之手。

    司马睿眼睁睁地看着王敦飞扬跋扈，逼辱朝廷，却无可奈何。史称元帝“恭俭有余而明断不足，故大业未复而祸乱内兴”。他没有平定王敦之乱的才干，遂忧愤成疾，于永昌元年（公元322年）闰十一月抱恨死去，时年47岁。葬于建平陵，庙号“中宗”。