有位卖食物的老大娘，明帝将七宝鞭交给她，说：“后面骑将追来，可将此鞭给他一观。”说罢策马而去。不一会，骑将追来，问老大娘：“可曾见到一黄须儿逃走？”老大娘答道：“早已去远了。”并把鞭拿给他们观看。五位骑将哪里见过这般镶嵌着宝玉的珍奇鞭具，忙围上来仔细观看，啧啧赞叹，又见马粪已冷，以为真已经跑远了，遂不再追赶，明帝得以安全脱身。

    明帝在掌握了王敦的情况后，决心讨伐王敦。为了瓦解叛军、鼓舞官军，王导宣布王敦已死，带领子弟为王敦发丧，人们信以为真，鼓舞了斗志。明帝下诏宣示王敦罪状，宣布亲征其余党钱凤之流。诏书说：“朕亲统诸军，讨伐钱凤。有能杀钱凤送其首者，封五千户侯。诸文武官员被王敦所授用者，一概不问。王敦之军士，单丁在军者，均遣归家，优待终身。其余的与假期三年，休假完毕归来，与宿卫官兵同样信任，同等对待。”此诏下达，对王敦一伙在政治上的打击甚大。王敦见到诏书，气得火冒三丈，怒气伤身，病情加重，不能带兵进攻朝廷。王含说：“这是我们家里事，责无旁贷。还是我跑一趟吧！”王敦遂以王含为元帅，于同年7月与钱凤、周抚、邓岳等率水陆五万人，向京城建康进攻，并上疏朝廷，以诛杀奸臣温峤等为口实。叛军来势汹汹，很快打到江宁南岸（即秦淮河南岸）。明帝亲率军队加强防卫。又派遣将军段秀、中军司马曹浑等帅敢死壮士千人于夜间渡河，乘敌不备，进行突袭。第二天凌晨，战于秦淮河南岸的越城，大破王含军，斩其前锋将何康。

    王敦得知王含初战已败，气急败坏，在病床上骂道：“我兄真是无用老婢！大势去矣！”对守护在身边的参军吕宝说：“我当拼上老命，抱病前往指挥。”说着，挣扎着起床。但因病重力竭，又重重地倒下，只得作罢。喘息一阵之后，对其舅少府羊鉴和王应说：“我死后，应儿马上即位当皇帝，先立朝廷百官，然后再料理我的葬事。”嘱咐完毕，两腿一蹬死去。然而王应怕王敦死讯传出使军心涣散，秘不发丧，以席裹尸，外面涂蜡，埋于厅内地下，随后便与狐群狗友日夜纵酒淫乐。

    七月，兖州刺史刘遐、临淮太守苏峻等帅援兵万人来到京城，此时，沈充、钱凤等已率叛军渡秦淮河，打到宣阳门。刘遐、苏峻遂率军自南塘横击，大破叛军，叛军投水死者达三千余人。刘遐又在附近的青溪大破沈充军。王含等见势不妙，放火自烧营地，连夜逃遁，官军赢得了决定性的胜利。明帝发布大赦令，以瓦解叛军官兵，惟有王敦死党不在大赦范围之内。又命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，命温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁。王含、王应父子乘单船向荆州投奔王舒，王舒毫不留情地将他们父子投于江中淹死。沈充败归吴兴，迷失道路，误入过去的部将吴儒家中。吴儒诱骗他躲到夹壁中，笑着对他说：“三千户侯我可以垂手而得了。”沈充后悔上当，哀求道：“你不必贪求封侯，如能救我，我宗族势大，必重重报答你。若杀我，必灭你族。”不管沈充如何威胁利诱，吴儒还是杀了沈充，传首京师。钱凤败后，逃到卢州，被王敦手下宁远将军、浔阳太守周光逮捕，旋亦被杀。王敦已死，又被掘墓暴尸，斩首示众。

    明帝以弱制强，终于平定内乱，巩固了东晋政权。他有勇有谋，很想有一番作为，可惜天不假寿，第二年（公元325年）闰八月，他便因病死去，年仅27岁。葬于武平陵，庙号“肃宗”。