东晋会稽王司马昱在绝嗣多年之后，终于盼来了一个儿子。这个儿子出生时，正当东方始明，司马昱因此给他取名曜，字昌明。

    司马昱做了9个月的皇帝，临终前把11岁的司马曜立为皇太子。这位皇太子在他父亲灵前一滴泪也不掉，左右人提醒他，应按常礼大哭一场表示悲痛。他却回答：“哀至则哭，何常之有！”

    拥有重兵的大司马桓温，驻扎在姑熟（今安徽当涂）。要不要先请示桓温，然后再让司马曜继皇帝位，群臣对此有意见分歧。有的主张：“当须大司马处分。”王彪之却说：“皇帝驾崩，皇太子理应继位，没有请示臣下的道理。”这样，司马曜才算顺顺当当即了位。

    桓温本来指望司马昱临终禅位，由他来当皇帝；起码也会像周公一样居摄，当个代理皇帝。但司马昱遗诏却让他以诸葛亮和王导为榜样，辅佐司马曜，自然十分恼火。他断定这是大臣谢安等人从中作梗，恨得咬牙切齿。

    宁康元年（公元373年）二月，桓温带着大兵，杀气腾腾地向首都建康（今江苏南京）赶来，谢安和王坦之带领满朝官员前去迎接。这时，上上下下人心惶惶，传说桓温要杀王、谢两人，灭掉东晋，改朝换代。

    谁知桓温到了建康不久，忽然生起病来，后来病势越来越重。桓温几次暗示朝廷给自己加九锡，并屡次派人催促。桓温的亲信袁宏起草好加九锡的诏文，草稿送给谢安审批，送一次，谢安改一次，拖了几十天，还没定稿。这样一直拖到七月，这个权臣寿终正寝，司马曜被废黜的危机总算度过去了。

    在同桓温周旋中表现出超人胆识的谢安，从此成为朝廷的中流砥柱。太元元年（公元376年），14岁的司马曜亲政，任命谢安为中书令、录尚书事；第二年，又任命为侍中、都督扬豫徐兖青五州诸军事。这样，谢安掌起了东晋的军政全权。

    这时，氐族在北方建立的前秦日益强大，经常骚扰东晋的北部边境。司马曜颁发诏书，寻求良将。谢安的侄子谢玄应征。谢玄在当时称为“北府”的京口一带招募士兵，组织起一支新军，得到了刘牢之等猛将。刘牢之率领精锐部队为先锋，战无不捷。这支新军号称“北府兵”。

    太元八年（公元383年）八月，前秦王符坚以符融为前锋，亲自统率骑兵27万、步兵60万南下攻晋。这支号称百万的大军，旌旗相望，钲鼓千里，大有把东晋捣为粉末之势。司马曜和谢安派遣谢石为征讨大都督，谢玄为前锋都督，统兵8万，进行抵抗。

    十月，秦军前锋到达寿阳（今安徽寿县），与前来抵抗的东晋前锋隔淝水对阵。谢石和谢玄分析形势，认为：倘若百万秦军到齐，是难以为敌的。应当乘其各路军队还没会齐之时，迅速出击；只要击败了这支前锋军，整个秦军就会崩溃。

    谢玄派使者对符融说：“你们远道而来利于速战，但你们逼近水滨安营扎寨，这是持久战的阵势，并不是速决战的阵势。请你们把阵营向后撤退一下，在水边腾出一块空地作为战场，让我们晋军渡过淝水，与你们决一胜负。”符坚计划把前秦军向后撤退一下，乘东晋军渡江之时，派骑兵冲杀，没有不胜的，符融也觉得这是个好主意。于是下令向后撤，谁知这一撤，秦军立刻大乱，谢玄乘机率晋军渡过淝水，攻上岸来。符融来到阵前，想押住阵脚，坐骑竟被乱兵撞倒，他自己也被攻上来的晋兵所杀。秦军失去主帅，全线溃败。晋军乘胜追杀，秦军自相践踏，尸体蔽野塞川。

    前秦其他各路军队，听说前锋溃败，都调头逃跑，听到风声鹤唳，也疑心是追赶的晋军来了，昼夜不息地逃奔。依附于前秦的各少数民族贵族也纷纷叛离，因此秦军损失十分之七八。

    淝水之战胜利了，司马曜又逃过了一次亡国的危机。

    司马曜的同母弟司马道子