。永明七年（公元489年），王俭去世。礼官欲依东晋丞相王导故事，谥王俭为“文献”。王晏平日与王俭不和，便对萧赜说：“晋世王导得此谥，但宋氏以来，不加于皇室以外之姓。”萧赜听后，便取消了此谥，改谥“文宪”。萧赜又欲以王奂为尚书令，征求王晏的意见。王晏与王奂关系不睦，就又在萧赜面前献计说：“柳世隆有勋望，恐不宜在王奂之后。”萧赜对他是言听计从，果然以柳世隆为尚书令，以王奂为尚书左仆射。

    另外深得萧赜亲信的是几位出身微贱的小人，如中书通事舍人茹法亮、吕文显，外监吕文度等。茹法亮等人无法无天、营私舞弊的行为，引得人们痛恨、反感，但由于萧赜对他们大加纵容，别人也不敢反对指责。

    不过，比起前朝的父子、兄弟仇杀来，萧赜牢记父亲临终之言，颇能顾及骨肉亲情。一日，萧赜见一份奏章，密报长沙王萧晃从南徐州罢职还都，私载数百人的器仗，被禁司发觉后，全部投入江中。萧赜曾明令禁止诸王蓄积私仗，诸王在京都，只准置捉刀左右40人。今见萧晃敢违背命令，不禁大怒，欲纠之以法。豫章王萧嶷闻讯后急忙入见萧赜，一见面便跪下行礼，痛哭流涕道：“萧晃之罪诚不足宥。愿陛下看在先朝的面子上宽恕白象。”萧赜听他提起父亲，又叫萧晃的小字白象，骨肉之情油然而生，也忍不住低首垂泣。

    萧赜弟兄19人，他为老大，老二萧嶷是他同母弟。兄弟二人自幼和睦，亲密无间。父亲萧道成见萧嶷处事稳重，有容人之量，曾想以他代替太子萧赜，但萧嶷毫无夺位之心，依然恭悌尽礼对待萧赜，故萧赜即位后，两人友爱更深。按照制度，诸王入见皇上必须衣冠整齐，萧赜特准萧嶷参加内宫曲宴时，可穿白服裙帽。萧嶷为人谨慎，虑位高权重，常思自退，待萧赜也是恭谨忠笃，尽君臣之礼，只有萧赜亲幸府第，才身着白服乌纱帽侍宴。所以萧赜对他最放心。

    萧晃是萧道成第四子，少有武力，爱好武饰。宋末，荆州刺史沈攸之举兵反时，萧晃身着盔甲，带领众多武装卫士，浩浩荡荡在街上骑马巡行，非常威风。萧道成即位后，萧晃在豫州刺史任上，每要处理政务，辄受典签的制约，萧晃一怒之下杀了典签。这件事深深激怒了萧道成，亲自下诏杖责萧晃，从此以后也不再喜欢他了。萧道成临终时，嘱咐萧赜，只能让萧晃在靠近京师的地方任职，勿令远出，以利控制。所以萧赜即位后，先任萧晃为南徐州刺史，继而又征他入京，结果就发生了私带甲仗入京之事。由于萧嶷再三为萧晃说情，萧赜也想起父皇临终时的告诫，于是赦免萧晃之罪。从此一直到永明八年（公元490年）萧晃去世，萧赜都无害他之意，但也不见亲宠，再未让其到京师以外的地方任职。

    永明八年（公元490年）八月，荆州府僚佐们密报荆州刺史、巴东王萧子响私作锦袍等物，准备与蛮人交易器仗。萧子响是萧赜第四子，小时候因萧嶷无子，出继给了萧嶷。后来萧嶷虽有了亲儿子，仍上表请求留子响为自己的嫡长子，萧赜准许，又特别关照子响可以享受见诸王不致敬的待遇。虽然如此，因已出继，车辆服装皆不同于其他皇子。萧子响性情暴躁，每入朝时，一想起自己与别的皇子待遇不同就忿怒不已，用拳猛力敲击车壁。萧赜知后，不忍儿子受委屈，特令其车服与诸皇子相同。永明六年（公元488年），萧子响被封为巴东王。七年，任荆州刺史。萧子响自幼勇力绝人，好武，喜欢各种武器，故有欲与蛮人交易器杖之事。萧赜很了解这个自幼好武的儿子，觉得他不是那种有野心的人。为了弄清事情真相，先派人前去精加检校。不料，他很快又得到消息：萧子响得知朝廷派人调查自己与蛮人交易的事，便把长史刘寅、典签吴修之等8人叫去质询，一怒之下，竟然把8人全都杀死了！

    萧赜闻讯，又惊又气，对众臣说：“