在处理政务，外面报告发生变故，忙从厅内跑出，与儿子同至门外，随从约数十人，与侯安都展开激战。不一会陈霸先率军赶到，王僧辩寡不敌众，夺路逃窜，登上城南门楼，陈霸先令将士聚柴放火，王僧辩被迫下楼就擒。陈霸先害怕夜长梦多，当晚即将王僧辩父子绞杀狱中。

    萧渊明听说王僧辩被杀，自知帝位难居，主动逊国回邸。十月，陈霸先扶持萧方智复位，改元绍秦。以萧渊明为司徒，封建安郡公；陈霸先仍官司空，加尚书令，都督中外诸军事，兼扬徐二州刺史。

    这时，由王僧辩一手提拔起来的吴兴刺史杜龛见王僧辩被杀，立即起兵反抗，义兴太守韦载和王僧辩之弟、吴郡太守王僧智也以本郡响应，据城抗拒陈霸先。陈霸先派部将周文育进攻义兴，义兴所属县中多有陈霸先过去的士兵，他们善用弓箭，远近闻名。周文育进攻不利，只好率军退却，韦载便在城外据水立栅，两下相持，不觉几十天过去。陈霸先得悉周文育出师受挫，心中焦躁，即令侯安都与杜棱防卫建康，自己亲率大军前往接应。

    陈霸先军至义兴，两日即拔去韦载水栅。然后，陈霸先派韦载族弟，带书信入城给韦载，招他投降。韦载因势穷力拙，无法坚持，于是出城投降。霸先对韦载好言安抚，引置左右，谋议军国大事，留其弟监守郡事，以周文育兵攻吴兴杜龛，以宁远将军裴忌赴吴郡讨王僧智。这时建康告急，陈霸先只得卷甲返回京师。

    原来谯、秦二州刺史徐嗣徽，有一从弟名叫徐嗣先，乃是王僧辩的外甥。僧辩被杀后，徐嗣先逃至徐嗣徽处，怂恿嗣徽举州降齐。及至陈霸先东讨韦载时，徐嗣徽密结南豫州刺史任约，举兵响应杜龛、韦载。北齐也以兵马粮草相助。徐嗣徽见京师空虚，即率精兵5000直奔建康，攻克石头城。

    陈霸先回师建康后，即拟攻取石头城。尚未出战，又闻齐已遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩率兵万人来援徐嗣徽，并于湖墅运粮3万石，马千匹入石头。霸先忧心忡忡，问计于韦载，韦载说：“如果齐军分兵先据三吴之路，掠地东境，则大事去矣。现在应速至淮南沿侯景旧垒筑城，保护东方粮道，然后分兵断绝敌人运输道路，使他们无粮草器械接济，如此不过10天，齐将脑袋就可送来了。”霸先点头称是，派仁威将军周铁虎断敌运输，擒获齐北徐州刺史张领州，械送建康，再使韦载至淮南筑起城垒，遣人驻守。齐军亦在仓门、水南设栅据守，过了几天，徐嗣徽被陈霸先亲率精兵打败，留下柳达等人守石头城，自己去采石迎接齐军。

    这年十二月，陈霸先遣侯安都率水军攻打秦郡，破徐嗣徽栅栏，俘获数百人。陈霸先又在治城架起浮桥，渡河攻齐仓门水南二栅。齐兵大败，溺死者千数，号哭声震动天地。这时，徐嗣徽与任约引齐水陆兵马万余人还据石头城，霸先派兵赴江宁，据住险要地势。嗣徽等不敢再进，驻于江宁浦口，被陈霸先派侯安都率水军袭破，嗣徽等逃走，只剩下柳达摩，孤军守石头城。霸先召集水陆各军，四面围攻石头城。城困无水，一升水竟可换绢一匹。达摩无计可施，遣使请和，要求霸先送子为质。霸先召诸将会议，都认为建康虚弱，粮运不继，应该允许求和。霸先只得答应，并令从子昙朗与永嘉王萧庄出质齐营，与达摩会盟城外。盟后达摩引兵自去，徐嗣徽、任约皆随之入齐。

    再说宁远将军裴忌奉陈霸先之命，去吴郡讨伐王僧智，赶到城下正值黑夜。裴忌令将士鼓噪攻城，王僧智由睡梦中惊醒，疑是大军到来，忙起身从后门逃出，乘小船投奔吴兴杜龛。这时，周文育正与霸先侄子陈蒨合攻杜龛，文育暗中交结杜龛部将杜泰，让他作为内应，怂恿杜龛投降。一天，杜龛与杜泰出城与文育交战，杜泰故意按兵不动，杜龛战败回城，杜泰借机劝杜龛投降，龛不识其诈，答应出降。回去告知妻