也是在11月26日，第三战区司令部下令京沪线各军，除胡宗南第1军等部向常州、镇江撤退之外，主力向浙皖边区撤退。南京卫戍长官司令部指挥机构名单同时公布：司令长官唐生智，副司令长官罗卓英、刘兴，参谋长周斓，副参谋长畲念慈。

    然而此时列入南京卫戍部队的只有第36师、第87师、第88师、教导总队、宪兵部队和警察部队。自从最高统帅部下令唐生智兼任南京卫戍司令长官及部署南京卫戍军战斗序列后，新成立的南京卫戍长官司令部立即开始制订具体的南京防守计划。

    由于最初的时候，卫戍军主力仅有第88师、第36师及教导总队，而且又都是由淞沪战场撤至南京补充整理但尚未完成的部队，所以兵力严重不足，这种情况下，南京卫戍长官司令部不得不下令放弃东南主阵地带的既设国防工事，仅防守复廓阵地。

    其防守计划以固守复廓据点及域垣为目的，策定防御部署要旨如下：以第88师任右地区雨花台及城南之守备，以教导总队任中央地区紫金山及城垣东部之守备，以第36师任左地区江山、幕府山及城北之守备，以宪兵部队任清凉山附近之守备，以教导总队之一团及乌龙山要塞部队警戒长江封锁线。

    然而当日军突破锡澄线阵地时，大本营下令原先留南京的作战组返回武汉统帅部，以第三战区副司令长官顾祝同收容从淞沪战场撤下的部队，第三战区长官司令部暂去扬州。为了加强南京的防守力量，军委会又下令从正向浙、皖、赣边区转移的第三战区部队中留下9个师，并从武汉的第七战区部队中调来两个师。接着军委会命令湖北的徐源泉第2军团星夜驰援南京，叶肇第66军、邓龙光第83军、俞济时第74军划归南京卫戍长官司令部指挥战序列。

    在兵力得到加强后，卫戍长官司令部又决定恢复以东南主阵地带为第一道防御阵地，以加大阵地纵深、增强防御韧性。其具体部署为：以第72军派出右侧支队至江宁镇附近，任右翼掩护；以第74军任牛首山至淳化镇附近之守备，并向秣陵关、湖熟镇派出前进部队；第66军任淳化镇附近至伏牛山的守备，并向句容附近派有力之前进部队；第83军任伏牛山附近经拜经台至龙潭之守备，向下蜀派出前进部队。

    而当徐源泉第2军团即将到达南京时，长官司令部又修改命令。以第83军推进至镇江、丹阳附近，令第2军团接守第83军在龙潭一线的阵地。这样一来，镇江除江阴要塞部队外尚有第71军、第103师、第112师，由第71军军长王敬久统一负责指挥镇江要塞部队进行此处的防御作战。

    这样，南京卫戍军的战斗序列便是增至：王敬久第71军，辖沈发藻第87师；孙元良第72军，辖孙元良兼师长的第88师；宋希濂第78军，辖宋希濂兼师长的第36师；教导总队总队长桂永清，参谋长邱清泉，辖周振强第1旅、胡启儒第2旅、马威龙第3旅；宪兵部队副司令萧山令，代司令职，辖罗友胜第2团、陈烈林第10团、周竞仁教导第2团；俞济时第74军，辖王耀武第51师、冯圣法第58师；叶肇第66军，辖谭邃第159师、叶肇兼师长的第160师；邓龙光第83军，辖巫剑雄第154师、李江第156师；徐源泉第2军团，辖丁治盘第41师、徐继武第48师。

    就在南京卫戍司令部发布战斗序列的时候，广德、常州一线的战事已经全面恶化，镇江方面也开始发生战斗。11月26日19时，江防军总司令刘兴下达了作战命令：“江防军以主力固守江阴要塞，以一部警备江岸，施行持久抵抗，以保长江航道。112师以主力占领由夏港口、夏港镇、青山、江阴城南至金童桥间之主阵地带，拒止敌人。103师以主力占领金童桥，经杨家港、凤凰山东麓至长山东麓间之主阵地带拒止敌人。57军率11