，不久，南燕又侵扰济南。南燕的入侵引起了东晋人民的强烈反响，要求讨伐南燕的呼声甚高。刘裕经过分析权衡，认为征伐南燕一来可以满足人民的抗敌要求，二来如果征伐成功，自己的功业声望就可以完全压倒刘毅等人，因此立即下令北伐南燕。

    刘裕北伐南燕的打算立刻遭到朝廷一些人的反对。豫州刺史刘毅竭力阻止刘裕亲自带兵北伐，说宰相远出，易倾动国家的根本。刘裕不听，决意亲自出征。四月，刘裕率水军自建康出发，沿淮河、泗水到达下邳（今江苏睢宁县西北），又沿陆路出发，六月，进围广固。慕容超慌忙向后秦求救，姚兴不敢轻举妄动。刘裕精神抖擞，指挥大军全力猛攻，次年二月，攻下广固，灭南燕，生擒慕容超，送至建康斩首。

    这次北伐南燕的胜利，收复了青、衮广大地区，朝廷内外无不赞颂刘裕的功德。刘裕的功业，此时已经超过祖逖、桓温，他的声望一下子大大提高，朝中再也无人能与他相抗衡了。

    此时，从广东起兵的农民起义军卢循、徐道覆已攻下长沙、巴陵（今湖南岳阳市）、南康（今江西赣州市）等城，兵锋直指建康。江州刺史何无忌自浔阳（今江西九江市）南下，抵御徐道覆，战死于豫章（今江西南昌市）。刘裕听到这一消息，大惊失色，慌忙班师南归，把大队人马甩在后面，只带了几十人，于四月间赶到建康。

    刘毅听说卢循、徐道覆挥师东下，直指建康，决心率军与其交锋，趁机显示一下自己的能耐。刘裕写信劝阻，并派刘藩前往谕止。刘毅见信大怒，对刘藩说：“当年只是一时推功而已，你就以为我真不如刘裕！”说完，把信狠狠地摔在地上，率舟师2万，从姑孰（今安徽当涂县）溯江而上，阻击卢、徐。五月，二军战于桑落州（今江西九江市东北），刘毅大败，丢掉全部船只和辎重，只带了几百人狼狈逃回。

    刘毅兵败的消息传到建康，顿时人情汹汹，惶惶不安。由刘裕带回的军队，因连续征战，士卒多有创伤，有战斗力的只剩数千人。因此，朝廷里人言藉藉，都认定了刘裕难以抵御卢循，纷纷恳请迁都。刘裕坚决不同意。

    卢循击败刘毅后，从被俘士兵口中得知刘裕已经赶回建康，心里害怕起来，欲退还浔阳，攻取江陵，据江、荆二州以抗朝廷。徐道覆力主乘胜进击，卢循犹豫多日，才勉强同意进军建康。这样，刘裕就赢得了周密布署的时间。卢循率大军兵临建康城下时，刘裕已完全做好了防卫准备。经过近两个月的相持，卢循一无所获，终因师老兵瘦，只好退回浔阳，准备西取荆州。刘裕亲率大军出战，在破冢（今湖北江陵县东南）、大雷（今安徽望县）等地大破卢循军。刘裕得胜后，得意洋洋地回到建康，派遣其他将领继续追击围歼卢循等。义熙七年（公元411年）二月，朝廷军队攻克始兴，徐道覆战死。四月，卢循在交州（今越南慈山、仙游地区）兵败，投水而死。

    刘裕在镇压了卢循、徐道覆之后，威望进一步提高，官至太尉，自感羽翼丰满，该进一步采取行动了。

    三、翦除异己扫清道路

    刘毅在桑落州遭惨败以后，威信扫地，后来为了挽回声誉，竭力要求追击卢循。刘裕接受长史王诞的建议，不让刘毅有建功立业的机会，自己亲率大军征讨卢循，以刘毅监太尉留守，总管后方事宜。刘裕得胜而归，威望大增，刘毅却毫无建树，更增添了怨望之情。不久，刘裕下令迁刘毅为荆州刺史。刘毅见刘裕居中掌权，自己只是镇守一方的藩将，心中不服，便欲利用荆州的军事力量，与刘裕决一雌雄。

    一日，刘裕接到刘毅的请求，要兼督交、广二州。刘裕虽然知其有野心，但仍然很痛快地答应了。不久，刘毅又提出了新的要求，想让与自己关系密切的丹阳尹郗僧施为南蛮校尉后军司马，毛修之为南郡太守。刘裕压住心中的不快