，又一次答应了刘毅的请求，但马上安插自己的亲信刘穆之任丹阳尹这一重要职务。刘毅又请求到京口为先人扫墓，然后再西下赴任。刘裕欣然同意，并亲自赶往仉塘与刘毅相会。

    刘毅到江陵赴任后，独断专行，变易地方守宰，安插亲信，又擅自分割豫州文武、江州兵力达万余人作为自己的贴身部队。对此，刘裕都假作不知。不久，身患重病的刘毅上表朝廷，请求让堂弟、兖州刺史刘藩担任自己的副手。刘裕知时机已到，表面上答应，暗地里迅速做好了讨伐荆州的准备。

    刘藩自广陵刚一入朝，就被逮捕，罪名是与刘毅、尚书仆射谢混共谋不轨。刘裕以诏书宣布刘毅等罪状，赐刘藩、谢混死。又亲自率大军讨伐荆州，派手下的两员得力战将王镇恶、蒯恩为前锋，火速出发。

    王镇恶与蒯恩都是刘裕一手提拔起来的战将。王镇恶是前秦名相王猛之孙，秦亡后辗转随叔父入晋。他熟读诸子兵书，果决能断，有大将之才。征广固伐南燕时，有人向刘裕推荐王镇恶，刘裕急派人将其召来，二人相见后只交谈了一会儿，刘裕便暗暗称奇，留其在府中住了一夜。第二天，他把王镇恶介绍给诸佐吏：“镇恶是王猛之孙，真所谓将门有将啊。”又马上给王镇恶任以官职，留在军中。在以后的征伐中，王镇恶屡立战功。

    蒯恩出身贫贱，当年东晋征讨孙恩时，他被县里派往刘裕军中服劳役，充当马士，负责备马料。他身高力大，常背大捆，虽身份低微，心中却热切盼望能有冲锋陷阵建立功业的机会，有时把马料扔在地上，怅然叹道：“大丈夫弯弓三石，奈何充当马士！”刘裕听说后，立即发给他器仗，令其随军作战。蒯恩以其勇猛忠谨，甚得刘裕的喜爱和信任，成了他的心腹将领。

    王镇恶与蒯恩率百舸为前锋，诈称是刘兖州西上，所以荆州方面毫不提防，很快就到了距江陵城20里的地方。二人舍船率兵步行，突然出现在江陵城内，经过一天的激战，刘毅兵败自杀。

    刘裕率大军来到平定后的江陵，采纳原刘毅府中谘议参军申永的建议，宽租省调，节役原刑，礼辟名士，荆州人大悦。

    豫州刺史诸葛长民是与刘裕共谋举事者之一，及刘裕执掌朝政，二人就开始貌合神离。刘裕征讨刘毅时，明里以诸葛长民监太尉留府事，暗里又特派刘穆之防备他。刘裕自江陵班师还建康，诸葛长民天天与公卿大臣在新亭奉候，都未能迎到。忽听刘裕已乘轻舟于夜里人不知鬼不觉回到东府了，不觉大惊，连忙登门问候。刘裕热情邀诸葛长民共坐，屏退左右，二人畅谈起来。连平日很少谈到的事都提及了，诸葛长民见刘裕如此推心置腹，无所不谈，心中疑惧尽消，痛快极了。正在这时，刘裕事先安排埋伏于幔中的壮士丁旿突然冲出，于座中将诸葛长民杀死。

    义熙十年（公元414年）三月，谯王司马文思擅自捶杀国吏。司马文思是荆州刺史司马休之的长子。司马休之在刘毅死后接任荆州刺史，颇得江、汉民心，刘裕对此很不高兴，但又不好无故加罪于人。现在其子犯罪，正是机会。刘裕先诏令诛杀司马文思的爪牙，宽宥司马文思。司马休之闻讯，上疏谢罪，请求解除荆州刺史一职。刘裕不准，却将司马文思送往荆州，让其父处置。司马休之上表请求废掉司马文思的王爵，并又一次写信给刘裕谢罪。刘裕对此大为不满，认为司马休之不亲自杀子，就是包庇儿子，并以此为借口，准备兴兵西讨。

    次年正月，刘裕亲率大军征讨司马休之。雍州刺史鲁宗之认为自己早晚为刘裕不容，与儿子竟陵太守鲁轨起兵应司马休之。司马休之上表罗列刘裕罪状，勒兵严阵以待。

    刘裕调兵遣将西进，派女婿徐逵之为前锋，配以精兵利器，欲让其先立大功，待事宁之后任其为荆州刺史。谁知出师不利，前锋部队在破冢遭到鲁轨的猛烈阻击，徐